يحتوي نمط القصة على 15 فصلاً في المجمل مقسمة إلى أربعة فصول، تحكي قصة تدور أحداثها في عصر جديد أنشأه Fire God Liu Kang بعد أن سيطر على الساعة الرملية في نهاية اللعبة السابقة. يركز كل فصل على شخصية واحدة من السلسلة ويحتوي على مجموعة من المعارك والمشاهد المقطوعة الممتدة. في الفصل الأخير، لدى اللاعب خيار اختيار الشخصية. تتضمن بعض الفصول أيضًا لعبة صغيرة اختبر قوتك.